Vilhelmsborg ejes idag af Aarhus Kommune, som via en brugeraftale har stillet bygninger og jordarealer til rådighed for Foreningen Det Nationale Hestesportscenter Vilhelmsborg.
Til at varetage den daglige drift af Det Nationale Hestesportscenter oprettedes Driftsaktieselskabet Vilhelmsborg hvor Foreningen har den bestemmende indflydelse i form af A-aktier og den øvrige aktionærkreds har B-aktier.

Foreningen Det Nationale Hestesportscenter Vilhelmsborg består af repræsentanter for Aarhus Kommune samt de faste brugere på stedet.
Foreningen mødes to gange årligt og har det overordnede ansvar for udviklingen af Vilhelmsborg.

Driftsaktieselskabet Vilhelmsborg varetager den daglige drift af Det Nationale Hestesportscenter.
Denne del af organisationen består af direktøren, arrangementskoordinator, serviceafdeling samt rengøringspersonale. Disse personer varetager al dagligt arbejde samt reparation og vedligehold af de faciliteter, som ikke er omfattet af fredningsbestemmelser.
Vilhelmsborg er - pga dets historie og beliggenhed - omfattet af en del fredningsbestemmelser, hvilket medfører behovet for et nært samarbejde mellem Driftsaktieselskabet og Aarhus Kommunes Ejendomsforvaltning omkring pasning og vedligehold.